Cette étude, dirigée par le MNHN (station marine de Dinard) et menée par un large consortium (MNHN, pêcheurs professionnels, fédérations de pêche de loisirs, Universités, INRAe, Fishpass...), a été financée dans le cadre de l'Appel à projets migrateurs (AELB et FEDER Loire) en 2021.

Les objectifs de cette étude d'envergure étaient de mettre en évidence, ou non, l'impact du silure sur les migrateurs amphihalins (lamproies, anguilles) et d'en savoir un peu plus sur son écologie (déplacements, canibalisme, dépenses énergétiques ...).

Axée principalement sur l'axe Vienne/Creuse (partie du bassin versant de la Loire accueillant la majorité des lamproies et aloses), cette étude a pu suivre également l'axe Loire notamment au niveau du barrage de Saint-Laurent-des-Eaux.

De nouvelles connaissances sur le silure ont pu être acquises, partagées et validées par l'ensemble du consortium, en lien entre autres avec l’estimation des densités de population sur le site, les stratégies d’utilisation des habitats par l’espèce ainsi que ses relations trophiques avec le reste de l’écosystème.

C'est ainsi que :

• 82% des lamproies marines suivies ont été prédatées avant d'avoir pu se reproduire sur la Creuse (valeur minimum) ;
• 100% des lamproies ont été prédatées avant d'avoir pu franchir le seuil de Saint-Laurent-des-Eaux ;
• moins de 10% des anguilles argentées ont été prédatées lors de leur dévalaison au niveau des ouvrages suivis (Châtellerault)

ENJEUX GÉNÉRAUX

Le Saumon de Loire-Allier (Salmo salar L, 1758) se distingue des autres souches de Saumons Atlantiques par l’éloignement entre les zones de grossissement (Nord de la mer de Norvège) et les zones de reproduction (Haut Allier notamment). Ce voyage de plusieurs milliers de kilomètres nécessite des capacités de nage importantes et explique la composition majoritaire de cette population en individus de plusieurs hivers de mer, ce qui est unique en Europe (Anonymes, 2012).
Cependant, malgré ces intérêts écologiques indéniables, certains traits d’histoire de vie du Saumon de Loire-Allier restent méconnus. C’est le cas de la quantité de géniteurs entrant dans l’estuaire de la Loire (1) et du comportement migratoire jusqu’aux zones de frayère (2).

(1) En effet, si un contrôle du nombre de géniteurs migrants vers l’amont des bassins versants est possible grâce aux stations de vidéo-comptages installées dans les passes à poisson et gérées par l’association LOire GRAnds Migrateurs (LOGRAMI), aucune connaissance n’est disponible sur la quantité de Saumon se présentant dans l’estuaire. Or, des mortalités de géniteurs sont très probables lors de la longue migration en eau douce jusqu’aux zones de frayère. Il serait donc intéressant de quantifier ces « pertes en ligne ».
(2) Des études du comportement migratoire existent sur des secteurs localisés (à proximité des obstacles et sur les zones de frayère essentiellement) mais aucune étude n’a été menée à grande échelle sur la Loire. Pourtant, une telle étude pourrait permettre de localiser des secteurs problématiques, entrainant des retards à la migration voire de la mortalité. En effet, il est indispensable pour les géniteurs de rejoindre les zones amont fraiches avant la période estivale, le réchauffement des eaux étant un facteur de mortalité des géniteurs avant qu’ils aient pu frayer.

De plus, d’autres poissons migrateurs amphihalins telles que les Aloses (Alosa alosa et Alosa fallax fallax) et la Lamproie marine (Petromyzon marinus) se reproduisent dans le bassin de la Loire mais leur comportement migratoire sur la Loire reste peu connu. Les études de la migration à grande échelle de ces trois espèces étant rares, un renforcement des connaissances pour une meilleure gestion est nécessaire (Bensettiti, F. & Gaudillat, V. (coord), 2000).

Résumé

Les années 2018 et 2019 se caractérisent par des années contrastées hydrologiquement et un étiage prononcé se prolongeant au-delà de la mi-octobre. Les géniteurs d'aloses ont rencontré des conditions hydrologiques favorables de migration au printemps 2018 et sans doute plus difficiles en 2019.

Les aloses ont été échantillonnées à l'aide d'un filet-barrage et de filets maillants, de l'estuaire à la Loire moyenne (amont de Blois). Pour le filet-barrage, les CPUE de 2018 sont moins élevées que celles de 2017 tandis que celles de 2019 sont près du double de celles de 2018. Néanmoins, l'indice d'abondance annuel qui en résulte reste dans des valeurs supérieures à celles de la période 1984-1998.

Les 538 individus échantillonnés pour les analyses biométriques sont à plus de 98% des grandes aloses. 8.7% n'ont pu être agés majoritairement pour cause de régénération des écailles. Classiquement, plus de 98% sont des primipares, les classes d'âge s'étalent de 3 à 7 ans et les tailles et masses des individus diminuent de mars à mai.

L'échantillonnage au filet maillant à maille de 60mm est l'outil le plus couramment utilisé en estuaire mais aussi en Loire moyenne. Le rapport des sexes des poissons échantillonnés ainsi est identique à celui observé au filet-barrage qui n'est pas sélectif. Par contre, les tailles et masses des poissons sont susceptibles d'être différentes, le filet maillant privilégiant les poissons un peu plus gros.

L'analyse à long terme de l'abondance des cohortes montre que la situation s'est dégradée en basse Loire mais est tout de même plus favorable que dans les années 80-90. Les cohortes 2010, 2011 et 2013 présentent des niveaux d'abondance proche de la médiane de ceux observés sur la période 1998-2005.

Quelle que soit l'année, la présence d'aloson n'a été détectée que sur le site le plus en amont, avec la technique du filet dérivant. La CPUE de 2019 est trois fois plus élevée que celle de 2018.

Résumé

Les deux années 2012-2013 ont présenté des conditions hydrologiques et de circulation des végétaux qui n'ont pas permis une mise en place durable des filets barrages. Aussi, les échantillonnages des adultes d'aloses ont été conduits à partir des pêches au filet dérivant. Les individus ainsi collectés sont majoritairement des femelles dont la taille et le poids augmentent avec l'âge.

Les alosons ont été échantillonnés en quantité importante en 2013 mais leur présence a été constatée tard en saison, vers la fin août. Ces poissons sont des juvéniles de grande alose. Leurs habitats de transition, lors de leur migration de dévalaison, étaient des chenaux en bordure de perré, assez homogènes quant à la profondeur, la granularité et la vitesse de courant.

Lors de cette étude, 274 silures ont été capturés, de l'amont de Nantes à Sancerre. Tous ces individus ont été mesurés, pesés, sexés, leurs estomacs ont été prélevés et des morceaux de nageoire préparés pour des analyses isotopiques.

L'estimation de l'âge des silures a été réalisée par otolithométrie et analyse des vertèbres. Celle-ci montre une bonne corrélation entre taille et âge avec cependant de grosses variabilité de taille pour une même valeur d'âge. L'attribution d'âge est tout à fait possible à partir des otolithes et montre que les silures peuvent atteindre des âges très élevés, par rapport aux autres espèces de poissons, jusqu'à 18 ans. La croissance en longueur est forte jusqu'à 50cm. Au-delà de cette taille, la croissance pondérale est forte et les poissons de la Loire ont une croissance supérieure à ceux de la Garonne.

Des analyses de contenus stomacaux ont été conduites sur 274 individus. L'indice de remplissage est de 17%. Les observations faites dans cette étude quant à l'alimentation du silure, tant de manière globale que pour chacune des classes de taille, confortent les résultats obtenus antérieurement sur d'autres écosystèmes aquatiques. Le silure est majoritairement piscivore, opportuniste mais ne dédaigne pas des oiseaux ou des mammifères. Les poissons migrateurs anadromes constituent une grande part de la biomasse consommée en parcours libre. Les analyses isotopiques confortent ces résultats. Le positionnement des silures varie avec leur taille, plus ils sont grands plus ils se rapprochent des poissons migrateurs anadromes pour les concentrations en isotopes de carbone et de soufre.

Cette consommation importante de poissons migrateurs en période printanière montre la grande plasticité et la grande opportunité alimentaire de cette espèce et n'est pas sans poser question quant à l'impact de cette espèce sur la communauté de poissons migrateurs ligériens. En effet, ceux-ci sont consommés au droit des barrages mais également en l'absence de tout obstacle. Même si il n'est pas possible actuellement d'évaluer les densités de silures dans un grand cours d'eau comme la Loire et donc une pression de prédation sur les espèces migratrices amphihalines, cette pression existe néanmoins.

Considérant que la production d’anguilles argentées est la première cible de gestion à atteindre (CIEM 2005) et que peu de données sont disponibles (CIEM 2014), les objectifs sur cette écophase visent à évaluer l’échappement en anguilles. L’échappement en anguilles argentées d’un bassin versant se caractérise par sa production potentielle de géniteurs appelée également potentiel reproducteur, leur qualité, c'est-à-dire leur capacité à se reproduire, mais aussi par la mortalité directe d’origine anthropique qui vient réduire cet échappement (INDICANG, 2008). Le potentiel reproducteur représente la quantité d’anguilles argentées dévalant du bassin, telle qu’elle serait observée, chaque année, si la dévalaison ne dépendait pas des facteurs climatiques imprévisibles et sans mortalité d’origine anthropique.

La Loire est le seul grand fleuve français sur lequel il existe une pêcherie d’anguilles de dévalaison organisée. L’Association Agréée des Pêcheurs Professionnels en eau douce du Bassin Loire Bretagne (AAPPBLB) fournit, au tableau de bord Anguille – Loire, un indice annuel de l’abondance des anguilles argentées. Cet indice est construit à partir des captures annuelles de quatre pêcheries sélectionnées parmi les 5 à 13 pratiquants l’avalaison. Sont également transmises les données journalières de captures au guideau (Capture Par Unité d’Effort, CPUE) de tous les pêcheurs.

Ce rapport d’exécution présente, pour la campagne 2017-2018, l’effort de pêche de l’ensemble des pêcheurs professionnels localisés à l’amont d’Ancenis, incluant les relèves hebdomadaires. Les caractéristiques des géniteurs seront également analysées (sexe, taille, masse, condition corporelle). Une évaluation non exhaustive de la contamination de la vessie natatoire par le parasite Anguillicoloides crassus sera fournie. Enfin, l’indice d’abondance, construit à partir des captures annuelles des quatre mêmes pêcheries depuis 1987, apportera des précisions quant à l’évolution interannuelle de l’abondance des géniteurs d’anguilles dévalant la Loire pendant la période autorisée de pêche (du 1er octobre 2017 au 15 février 2018). Le calcul de l’indice d’abondance a été reconduit avec application virtuelle de la relève hebdomadaire dans son intégralité de façon à disposer d’un élément de comparaison avec les années antérieures ; l’analyse des captures et efforts de pêche, sur les relèves hebdomadaires pêchées, ayant été préalablement conduite.

L’anguille européenne (Anguilla anguilla, Linnaeus, 1758), migrateur catadrome emblématique de nos cours d’eau est depuis 1980 en constante régression sur l’ensemble de son aire de répartition (Beaulaton & Briand, 2007). On estime aujourd’hui que les effectifs de l’unique population de cette espèce ont chuté de près de 95% en 30 ans (Harrison et al., 2014). Selon le CIEM (2006), le stock d’anguille est en dessous de ses limites biologiques (Acou et al., 2015). La réduction du stock est notamment dû à un problème de recrutement (Harrison et al., 2014). En effet, celui-ci est à un niveau minimal historique et la plupart des observations ne montrent pas de tendance à la récupération (Harrison et al., 2014). Les tendances de recrutement vont jusqu’à une baisse de 99% dans certaines zones comme au Royaume-Uni (Harrison et al., 2014). Les causes de cette régression sont multiples, synergiques et principalement d’origine anthropique (Beaulaton & Briand, 2007 ; Harrison et al., 2014). Selon la commission des pêcheries intérieures (EIFAC) de la FAO, elles peuvent être classées en deux groupes, les causes d’origine océanique et celles d’origine continentale. Les facteurs continentaux sont multiples : l'exploitation commerciale sur tous les stades du cycle de vie, la perte et la fragmentation des habitats, la construction d’ouvrages et d’obstacles à la migration, les prélèvements d'eau de surface, l’infestation parasitaire ou encore la pollution de l’eau (Molnar, 1993 ; Sauvaget et al., 2003 ; Beaulaton & Briand, 2007 ; Harrison et al., 2014).

Afin d’espérer la reconstitution partielle du stock d’anguille européenne, le conseil des ministres européens a adopté, en septembre 2007, un règlement (CE n°1100/2007 du 18/09/07) qui demande à chaque état concerné d’établir des plans de gestion de l’anguille pour restaurer le stock, bassin par bassin (Acou et al., 2015). Ce règlement prévoit un échappement minimum de 40% des futurs géniteurs et un repeuplement des cours d’eau européens. Le programme INTERREG III B, INDICANG, dans des travaux antérieurs, avait anticipé cette démarche et proposé la mise au point d’indicateurs de l’état des stocks d’anguilles sur des bassins versants index. Ces indicateurs portent sur les trois écophases, civelles, anguilles jaunes et anguilles argentées et sur la qualité des bassins versants.

Considérant que la production d’anguilles argentées est la première cible de gestion à atteindre et que peu de données sont disponibles, les objectifs sur cette écophase visent à évaluer l’échappement en anguilles (Acou et al., 2015). L’échappement en anguilles argentées d’un bassin versant se caractérise par sa production potentielle de géniteurs appelée également potentiel reproducteur, leur qualité (Bourillon et al., 2019), c'est-à-dire leur capacité à se reproduire, mais aussi par la mortalité directe d’origine anthropique qui vient réduire cet échappement (Acou et al., 2015). Le potentiel reproducteur représente la quantité d’anguilles argentées dévalant du bassin, telle qu’elle serait observée, chaque année, si la dévalaison ne dépendait pas des facteurs climatiques imprévisibles et sans mortalité d’origine anthropique.

La Loire est le seul grand fleuve français sur lequel il existe une pêcherie d’anguilles de dévalaison organisée (Acou et al., 2015). L’Association Agréée des Pêcheurs Professionnels en eau douce du Bassin Loire Bretagne (AAPPBLB) fournit, au tableau de bord Anguille – Loire, un indice annuel de l’abondance des anguilles argentées. Cet indice est construit à partir des captures annuelles de quatre pêcheries sélectionnées parmi les 5 à 13 pratiquants l’avalaison. Sont également transmises les données journalières de captures au guideau (Capture Par Unité d’Effort, CPUE) de tous les pêcheurs.

De 1987 à 2007, la réglementation relative à la pratique de la pêche d’anguilles de dévalaison autorisait les captures sans discontinuer du 1er octobre au 15 février. Depuis 2008, l’application d’une nouvelle réglementation, en lien avec le règlement européen instituant une relève hebdomadaire du samedi à partir de 18 heures au lundi à 6 heures, pour la même période de pêche, a entraîné un changement dans les pratiques et dans la constitution de l’indice d’abondance puisque 28% des jours de la saison de pêche ne peuvent plus être échantillonnés. En 2009, le recalcul de l’indice d’abondance pour la période 1987-2007 en enlevant les périodes de relève hebdomadaire a montré la constance de la pêcherie au guideau dans son activité de manière globale. Une réduction de la période de pêche de 28% en durée a entraîné une réduction globale des efforts de 27% et des captures de 26%. Mais ceci ne doit pas cacher de grandes disparités interannuelles mais aussi inter pêcheries (Proust, 2019).

Ce rapport d’exécution présente, pour la campagne 2019-2020, l’effort de pêche de l’ensemble des pêcheurs professionnels localisés à l’amont d’Ancenis, incluant les relèves hebdomadaires. Les caractéristiques des géniteurs seront également analysées (sexe, taille, masse, condition corporelle). Une évaluation non exhaustive de la contamination de la vessie natatoire par le parasite Anguillicola crassus sera fournie. Enfin, l’indice d’abondance, construit à partir des captures annuelles des quatre mêmes pêcheries depuis 1987, apportera des précisions quant à l’évolution interannuelle de l’abondance des géniteurs d’anguilles dévalant la Loire pendant la période autorisée de pêche (du 1er octobre 2019 au 15 février 2020). Le calcul de l’indice d’abondance a été reconduit avec application virtuelle de la relève hebdomadaire dans son intégralité de façon à disposer d’un élément de comparaison avec les années antérieures ; l’analyse des captures et efforts de pêche, sur les relèves hebdomadaires pêchées, ayant été préalablement conduite.

L’année 2021 a permis de reconduire les opérations de radiopistage sur la Garonne et la Dordogne afin de vérifier les résultats de 2019 qui montraient un fort taux de prédation par le silure sur ces deux axes. Les résultats des suivis sur les axes principaux, réalisés dans les mêmes conditions de faibles débits sur la Garonne et la Dordogne, sont les mêmes que ceux observés en 2019, à savoir un front de colonisation se situant très à l’aval des axes et une prédation par le silure forte et rapide. Par ailleurs, il apparait également une absence de franchissement du barrage de Bergerac alors même que 5 lamproies se sont présentées au droit de l’obstacle.